17 июля 1918 года — приказом Главного Комиссара всех Военно-учебных заведений Российской Республики № 140, § 3 учреждены 1-е Советские инструкторские военно-железнодорожные курсы. Местом дислокации утвержден г. Торжок Тверской губернии (ныне Тверская обл.).
28 апреля 1922 года — приказом Реввоенсовета Республики № 1070 школа была переведена из Торжка в Петроград. 9 марта 1924 года - приказом РВС СССР № 324 при школе созданы курсы для переподготовки командиров железнодорожных войск и органов военных сообщений.
Январь-февраль 1924 года — в связи с переименованием города Петрограда в Ленинград школе присваивается наименование «Ленинградская военно-железнодорожная школа для подготовки командного состава». Октябрь 1925 года - школа получила наименование «Ленинградская школа военных сообщений».
12 января 1926 года — приказом Революционного Военного Совета СССР № 39 за Достигнутые успехи в боевой и политической подготовке школе присвоено имя выдающегося пролетарского полководца М. В. Фрунзе.
19 октября 1930 года — школе присвоено наименование «Краснознаменная школа военных сообщений имени М.В. Фрунзе».
16 марта 1937 года — приказом НКО СССР № 36 школа переименована в Ленинградское Краснознаменное училище военных сообщений имени М.В. Фрунзе.
Март 1941 года — в училище влился личный состав расформированного Московского военно-железнодорожного училища.
В конце августа 1941 года — училище передислоцируется в г. Шарью и пос. Мантурово Горьковской области.
Февраль 1943 года — училище переводится в г. Ярославль.
С 1946 года — согласно приказа НКО и НКПС от 14 декабря 1945 года устанавливается трехлетний срок обучения курсантов.
27 марта 1946 года — училищу вручается Знамя части.
Сентябрь 1948 года — состоялся послевоенный выпуск молодых офицеров.
17 марта 1968 года — за достигнутые успехи в подготовке офицерских кадров и в связи с 50-летием со дня основания училище награждено Почетной грамотой Президиума Верховного Совета РСФСР.
1969 год — Постановлением Совета Министров СССР от 27 июня 1969 года, приказом МО СССР от 22 июля 1969 года училище преобразовано в Ленинградские высшие ордена Ленина Краснознаменное командное училище железнодорожных войск и военных сообщений имени М. В. Фрунзе.
26 июля 1974 года — первый в истории училища выпуск офицеров с высшим образованием.
Сентябрь 1975 года — училище из командного переведено на новую организационно-штатную структуру и стало именоваться «Ленинградское высшее ордена Ленина Краснознаменное училище железнодорожных войск и военных сообщений имени М. В. Фрунзе».
С 1 января 1994 года — в соответствии с Постановлением Совета Министров – Правительства Российской Федерации от 23 октября 1993 года № 1072 и приказом Министра Обороны Российской Федерации от 28 декабря 1993 года № 603 на базе училища создан Военно-транспортный институт железнодорожных войск и военных сообщений со сроком обучения 5 лет.
С 1997 года — постановлением Совета Министров Российской Федерации от 22 октября 1997 года № 1342 Военно-транспортный институт железнодорожных войск и военных сообщений преобразован в Военно-транспортный университет железнодорожных войск Российской Федерации – военное образовательное учреждение высшего профессионального образования.
С 2001 года в соответствии с приказом директора Федеральной службы железнодорожных войск Российской Федерации — командующего Железнодорожными войсками Российской Федерации в университете создан факультет подготовки руководящих кадров, на котором ведется подготовка офицеров с высшим военным образованием.
В ноябре 2004 года университет прошел комплексную оценку своей деятельности, включающую процедуру повторного лицензирования, государственной аттестации и аккредитации, и решением Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки получил новую лицензию на право ведения образовательной деятельности по утвержденным специальностям и подтвердил аккредитационный статус.
С 30 ноября по 2 декабря 2004 года в соответствии с указаниями Министра обороны РФ от 10 ноября 2004 года № 158/13/4256 в период произведен прием Военно-транспортного университета железнодорожных войск Российской Федерации в состав Вооруженных Сил Российской Федерации.
24 декабря 2008 года распоряжением Правительства Российской Федерации №1951-р университет присоединен к Военной академии тыла и транспорта имени генерала армии А.В.Хрулева в форме обособленного структурного подразделения.
1 октября 2009 года на основании штата №17/155 переименован в Военно-транспортный институт Железнодорожных войск и военных сообщений.
11 ноября 2009 года в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации № 1695-р образован филиал ВАТТ.
1 июля 2011 года на основании штата №17/400 переименован в филиал ВАТТ (г. Санкт-Петербург, г. Петродворец).
1 июля 2012 года на основании приказа Министра обороны Российской Федерации № 545 от 15 марта 2012 года переименован в Военный институт (Железнодорожных войск и военных сообщений).
4 ноября 2014 года Заместителем Министра обороны генералом армии Булгаковым Д.В. институту торжественно вручено Боевое Знамя.
28 марта 2018 года в торжественной обстановке институт отметил 100-летие со дня образования.